Με τις ρίζες της να χάνονται στα βάθη των αιώνων,  πολλή πριν τον κατακλυσμό του Δευκαλίωνα...

«Τώρα θα σας διηγηθώ την ιστορία των νησιών του Αιγαίου αρχίζοντας από την Σαμοθράκη... Το νησί κατοικούσαν αυτόχθονες... λένε ότι στα αρχαία χρόνια ονομαζόταν Σαόννησος... Οι Σαμόθρακες διηγούνται ότι πριν από τους κατακλυσμούς που έγιναν σε άλλους λαούς συνέβη εκεί ένας άλλος μεγάλος κατακλυσμός στην διάρκεια του οποίου άνοιξε το στενό στις «Κυανές πέτρες» (οι μυθικές συμπληγάδες) και στην συνέχεια (άνοιξε) ο Ελλήσποντος.

Γιατί η θάλασσα του Εύξεινου πόντου ήταν πρώτα λίμνη και φούσκωσε σε τέτοιο σημείο που από την πίεση του ρεύματος ξεχύθηκαν με ορμή τα νερά στον Ελλήσποντο και κατέκλυσαν μεγάλο μέρος από τα Ασιατικά παράλια και όχι και λίγη πεδινή έκταση της Σαμοθράκης μετατράπηκε σε θάλασσα. Και γι' αυτόν τον λόγο στα μεταγενέστερα χρόνια μερικοί ψαράδες ανασύρουν με τα δίχτυα τους λίθινα κιονόκρανα, γιατί ακόμα και πόλεις κατακλύστηκαν απ' τα νερά. Κι' όσοι γλίτωσαν απ' τον κατακλυσμό κατέφυγαν στα ψηλότερα μέρη του νησιού.

Αλλά καθώς η θάλασσα ανέβαινε ολοένα και ψηλότερα, ευχήθηκαν στους θεούς του τόπου κι' όταν σώθηκαν σε ανάμνηση του γεγονότος ύψωσαν πέτρινα σύνορα γύρω-γύρω απ' το νησί κι' έκτισαν βωμούς. Είναι φανερό λοιπόν ότι η Σαμοθράκη ήταν κατοικημένη πριν από τον κατακλυσμό»
Διόδωρος Σικελιώτης ιστορική βιβλιοθήκη 5.47

Βρίσκεται στη βόρεια πλευρά του νησιού, δυτικά της αρχαίας πόλης. Η πιο παλιά θρησκευτική δραστηριότητα τοποθετείται στον 7ο αιώνα π.Χ. ενώ οι μόνιμες κατασκευές χρονολογούνται από το πρώτο μισό του 4ου αιώνα π.Χ. και κυρίως στον 3ο αιώνα π.Χ. Το Ιερό ήταν αφιερωμένο στην λατρεία και την τέλεση των Μυστηρίων των Μεγάλων Θεών που ακτινοβόλησαν στη διάρκεια της ελληνικής και ρωμαϊκής αρχαιότητας. Οι θεοί αυτοί που αναφέρονται με το όνομα Κάβειροι παραμένουν ακόμη αινιγματικοί και άγνωστοι.

Την πρώτη έρευνα έκανε ο Γάλλος Πρόξενος M. Champoiseau το 1863 στο Μνημείο της Νίκης. Ακολούθησαν δύο ακόμη γαλλικές αποστολές το 1866 και το 1891 στο κοίλο του Θεάτρου. Οι πρώτες συστηματικές ανασκαφές έγιναν το 1873 και 1875 από τον αυστριακό Α. Conze. Από το 1938 στο Ιερό κάνει ανασκαφές το Πανεπιστήμιο της Νέας Υόρκης με την διεύθυνση του K. Lehmann και στη συνέχεια του J. R. McCredie. Το 1956 αναστηλώθηκαν πέντε κίονες και τα κεντρικά επιστύλια του μπροστινού μέρους του Ιερού με την οικονομική υποστήριξη του Ιδρύματος Bollingen.

Τα σημαντικότερα μνημεία και αρχιτεκτονικά σύνολα του αρχαιολογικού χώρου είναι:
Το "Τέμενος", Το Ιερό, Το Ανάκτορο, Η Θόλος της Αρσινόης, Ο Ιερός Κύκλος, Το Πρόπυλο του Πτολεμαίου Β', Η Στοά, Το Ανάκτορο, Το Μνημείο της Νίκης. (Πηγή: www.e-evros.gr)

Νότια του Ανακτόρου και δίπλα στην Ιερά οικία βρίσκεται η Θόλος της Αρσινόης. Πρόκειται για ένα οικοδόμημα, το οποίο, σύμφωνα με την αναθηματική επιγραφή που είναι χαραγμένη στο επιστύλιο του, αφιερώθηκε από την Αρσινόη, σύζυγο του Βασιλιά Λυσίμαχου στους Μεγάλους Θεούς και προοριζόταν για θυσίες και επίσημες συγκεντρώσεις στην ετήσια καλοκαιρινή γιορτή. Χρονολογείται στο διάστημα 288-281 π.κ.χ. και αποτελεί το μεγαλύτερο γνωστό κλειστό κυκλικό οικοδόμημα στην αρχαία ελληνική αρχιτεκτονική, με εξωτερική διάμετρο 20 μ. και πάχος θεμελίου 2,50 μ. στην κατασκευή της θεμελίωσης χρησιμοποιήθηκε πωρόλιθος, ενώ για την ανωδομή θασίτικο μάρμαρο.

Η στέγη ήταν αρχικά κωνική με φολιδωτή κεράμωση και είχε στο κέντρο ένα μαρμάρινο ακρωτήριο διακοσμημένο με φύλλα δάφνης. Μετά από έναν σεισμό στα πρώιμα αυτοκρατορικά χρόνια, όμως, η στέγη μετατράπηκε σε οκτάγωνη πυραμίδα.

Εξωτερικά φαινόταν ότι η θόλος αποτελείται από δύο ορόφους. Ένα κρηπίδωμα δύο βαθμίδων οδηγούσε στη μνημειακή είσοδο της νότιας πλευράς και στο κάτω μέρος του κτιρίου, το οποίο αποτελούσε ένα κλειστό τύμπανο. Ο «δεύτερος» όροφος ήταν ένα ψευδοπτερό από δωρικούς πεσσούς, οι οποίοι στήριζαν πλήρη δωρικό θριγκό. Τα ανοίγματα ανάμεσά τους έκλειναν στο κατώτερο τμήμα με θωράκιο, διακοσμημένο με ρόδακα ανάμεσα σε δύο βούκρανα και παραπετάσματα. 

Στο εσωτερικό του οικοδομήματος κορινθιακοί κίονες συμφυείς με τους εξωτερικούς πεσσούς στήριζαν ιωνικό θριγκό. Ανάμεσα τους, σε αντιστοιχία με το εξωτερικό θωράκιο, υπήρχαν βωμοί διακοσμημένοι με εναλλασσόμενα ζευγάρια από φιάλες και βούκρανα. (Πηγή: www.xanthi.ilsp.gr)

Το Ανάκτορο αποτελεί ένα από τα σημαντικότερα κτίρια του Ιερού, αφού ήταν το τελευταίο και το πληρέστερο από μια σειρά κτιρίων για τα «Δρώμενα» και τους «Λόγους» του πρώτου βαθμού της μύησης. Είναι κτισμένο πάνω στα θεμέλια αρχαιότερου κτίσματος, σύγχρονου ή λίγο μεταγενέστερου της Θόλου της Αρσινόης, από το οποίο διατηρείται μόνο το κατώτατο τμήμα από το δυτικό θεμέλιο και μέρος από το νότιο.

Πρόκειται για ένα ορθογώνιο κτίριο με προσανατολισμό BΔ.-NA, το οποίο χρονολογείται στην πρώιμη αυτοκρατορική περίοδος (γύρω στον 1ο αιώνα μ.κ.χ.). Στη δυτική πρόσοψη υπήρχαν τρεις είσοδοι, από τις οποίες η κεντρική ήταν μεγαλύτερη και οι δύο πλευρικές μικρότερες. Oι τοίχοι του κτιρίου, που στην νότια πλευρά διατηρούνται σε ύψος 3 μ., είναι κτισμένοι κατά το πολυγωνικό σύστημα στις όψεις, ενώ το διάστημα ανάμεσά τους γέμιζε με χαλίκια.

Κατά μήκος των μακρών τοίχων του κτιρίου προεξείχαν εσωτερικά οκτώ πεσσοί, ανά τέσσερις σε κάθε πλευρά, κτισμένοι με γωνιασμένες πέτρες, οι οποίοι χρησίμευαν στην στήριξη των δοκαριών της στέγης, ενώ ένας ενδιάμεσος τοίχος σχημάτιζε στο υπερυψωμένο βόρειο τμήμα του κτιρίου ένα εσωτερικό ιερό, ένα μικρό άδυτο, όπου επιτρεπόταν η είσοδος μόνο μετά τη μύηση. Δύο χάλκινα αγάλματα των Καβείρων με υψωμένα χέρια πλαισίωναν τα ανοίγματα των θυρών που διέκοπταν τον τοίχο του εσωτερικού ιερού και ίσως αποτελούσαν τη βάση ενός ξύλινου διαφράγματος, που χώριζε το άδυτο από την κύρια αίθουσα.

Το Ανάκτορο έφερε χωμάτινο δάπεδο, ενώ οι εσωτερικοί τοίχοι του και οι πεσσοί ήταν επιχρισμένοι με άσπρο κονίαμα. Eγκοπές μαρτυρούν πως κατά μήκος του ανατολικού τοίχου και τμήματος του βόρειου υπήρχε ξύλινη εξέδρα. Στη νοτιοανατολική γωνία της κύριας αίθουσας βρέθηκε μία λίθινη κατασκευή, η οποία περιέβαλλε ένα λάκκο σπονδών, ενώ στο κέντρο της αίθουσας, κοντά στον ανατολικό τοίχο, ανιχνεύτηκαν τα λείψανα ενός ξύλινου κυκλικού βάθρου. (Πηγή: www.xanthi.ilsp.gr)

Στη Σαμοθράκη υπάρχουν μερικά από τα σημαντικότερα δείγματα υστεροβυζαντινής φρουριακής αρχιτεκτονικής στην Ελλάδα. Από τα οχυρωματικά έργα των Γενοβέζων Gateluzzi (ή και Gattilusi) σώζονται σήμερα τμήμα του κάστρου στη Χώρα και τρεις από τους πύργους του αμυντικού συγκροτήματος που έκτισαν στην περιοχή της σημερινής Παλαιόπολης. 

Γνωστοί ως οι πύργοι των Γατελούζων, είναι κατασκευασμένοι εν μέρει με αρχαία οικοδομικά υλικά από το γειτονικό αρχαιολογικό χώρο και έχουν τετράπλευρο σχήμα 10x11,7 μέτρα. Ο ένας από τους τρεις, ύψους 20μ., σώζεται σχεδόν ακέραιος με ενσωματωμένο γωνιόλιθο που φέρει ανάγλυφη επιγραφή με το οικόσημο των Gateluzzi.

Ανάλογη μαρμάρινη κτητορική επιγραφή του Παλαμήδη Γατελούζου βρίσκεται εντοιχισμένη στον εξωτερικό περίβολο του κάστρου στη Χώρα με χρονολογία 1433.

Επίσης, στην εκβολή του ποταμού Φονιά, 8χμ. νοτιοανατολικά από τα Θέρμα, σώζεται ο αποκαλούμενος Πύργος του Φονιά, κτισμένος πιθανότατα μετά το 1431. Έχει τετράγωνη κάτοψη 11,5x11,5μ. με σωζόμενο ύψος 12μ., ενώ οι τοίχοι του, πάχους άνω των 2μ., είναι κατασκευασμένοι από ημιλαξευμένες ποταμίσιες πέτρες. (Πηγή: kastragr.blogspot.gr)